In Shadow Quest leben drei kleine Hexen glücklich zusammen, aber nach einiger Zeit kommt ein Monster und will ihre Macht an sich reißen, und wenn sie sich weigern, nimmt das Monster eine der Hexen mit. Das Hauptziel in diesem Spiel ist es, den Level abzuschließen, Sie müssen die Tür finden, um zum nächsten Level zu gelangen (die am Ende des Levels liegt), während des Crossovers müssen Sie sich vielen Hindernissen stellen, wie z.B. Spikes, automatischen Kanonen und anderen Kreaturen.